El objetivo general de las iniciativas Interreg ha sido, y sigue siendo, que las fronteras nacionales no sean un obstáculo al desarrollo equilibrado y a la integración del territorio europeo. El aislamiento de las zonas fronterizas se explica por dos factores: por una parte, la presencia de fronteras separa las comunidades fronterizas económica, social y culturalmente e impide una gestión coherente de los ecosistemas; por otra parte, las zonas fronterizas a menudo ocupan un lugar secundario en las políticas nacionales, lo que aumenta la perifericidad de sus economías en el territorio nacional. El mercado único y la UEM pueden desempeñar una función catalizadora en la solución de estos problemas, pero sigue habiendo mucho campo para reforzar la cooperación en beneficio mutuo de las regiones fronterizas en toda la Comunidad. El desafío es todavía mayor si se considera la futura ampliación de la Comunidad, ya que aumentarán las fronteras interiores y la frontera exterior avanzará progresivamente hacia el Este.

   El objetivo de la nueva fase de INTERREG es reforzar la cohesión económica y social de la Comunidad fomentando la cooperación transfronteriza, transnacional e interregional y el desarrollo equilibrado de su territorio.

Se prestará particular atención a:

• las fronteras exteriores de la Comunidad, sobre todo en la perspectiva de la ampliación;
• la cooperación relativa a las regiones ultraperiféricas;
• la cooperación para impulsar el proceso de paz iniciado en los Balcanes;
• la cooperación relativa a  las regiones insulares.

   Partiendo de la experiencia adquirida con las anteriores iniciativas INTERREG, esta nueva fase de la iniciativa se concretará a través de tres capítulos:

 a) fomentar el desarrollo regional integrado entre las regiones fronterizas, incluidas las fronteras exteriores y marítimas (capítulo A); a este capítulo se dedica el grueso de los recursos financieros;

 b) contribuir a la integración armoniosa de toda la Comunidad (capítulo B);

 c) mejorar las políticas y técnicas de desarrollo regional y cohesión mediante la cooperación transnacional e interregional (capítulo C); este capítulo es, con mucho, del de menor dotación económica.

   Así pues, el reto principal para la nueva fase de Interreg es tomar como modelo las experiencias positivas de cooperación genuina adquiridas con los programas actuales y luego ir creando progresivamente estructuras para este tipo de cooperación en toda la Comunidad y también con los países vecinos.